Bioinformatics

Bioinformatics Ago-Dic 2017

25oct

http://raptorx.uchicago.edu/StructurePrediction/myjobs/89288363_267122/
 * 1ax8 **

 https://biwww.che.sbg.ac.at/maestro/web

18oct

http://hexserver.loria.fr/ 2DCY 1T6E

2B42

http://www.swissdock.ch/ 3GC1

2QQT

11oct http://swissmodel.expasy.org/ http://raptorx.uchicago.edu/StructurePrediction/predict/ https://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/QUARK/

https://embnet.vital-it.ch/software/ClustalW.html

4oct

[]

http://web.expasy.org/translate/

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/tools/1000genomes/

12sep https://depts.washington.edu/bioethx/tools/princpl.html

6sep

code set outfile [open rmsf.dat w] set sel [atomselect top "name CA"] set rmsf "[measure rmsf $sel first 0 last -1 step 1]" for {set i 0} {$i < [$sel num]} {incr i} { puts $outfile "[expr {$i+1}] [lindex $rmsf $i]" } close $outfile code

code set outfile [open rmsd.dat w] set sel [atomselect top "protein"] set frame0 [atomselect top "protein" frame 0]

for { set i 1 } { $i <= $nf } { incr i } { $sel frame $i $sel move [measure fit $sel $frame0] puts $outfile "[measure rmsd $sel $frame0]" }

close $outfile code

5sep RMSD, Rg, SASA, RMSF http://en.wikipedia.org/wiki/Root-mean-square_deviation_of_atomic_positions http://en.wikipedia.org/wiki/Radius_of_gyration http://en.wikipedia.org/wiki/Accessible_surface_area http://en.wikipedia.org/wiki/Root_mean_square_fluctuation

Due date: 29aug

Section 1.7 - What leads to an increase in entropy during protein folding? - How did Anfinsen achieve the denaturation of a protein in his experiment? - Why is Levinthal's paradox important?

During the next lab session we will follow this tutorial. http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/namd-index.html

Due date: 25aug

Section 1.2 - What is a dihedral angle? - What is the usual size of a dihedral angle in a peptidic bond? - How many residues per turn has an alpha-helix? - Why is a 3(10) helix less stable than an alpha-helix? - What kind of secondary structure would have several dihedral angles in "forbidden" regions of the Ramachandran plot? - Define the following: Supersecondary structure, Motif, Fold, Domain. - What is the difference between architecture and topology of a protein?

Lab session 1 16aug

0 Diabetes 1 Influenza 2 Alzheimer 3 Creutzfeldt-Jakob disease 4 Helicobacter pylori 5 Leptin 6 Epigenetics 7 Cancer 8 Dengue 9 Ecology

0 Spain 1 Argentina 2 Japan 3 Germany 4 Italy 5 Switzerland 6 Chile 7 France 8 Denmark 9 Brazil

Due date: 22aug

Section 1.3 - What amino acids have a Sulphur atom? Do they behave in the same manner? - What happens to charged residues when they are "buried"? - What residues can interact with metals? - Provide two important features of aromatic residues.

Due date: 18aug

Introducción (pp. XVI-XIX)

- Name five physiological processes where proteins participate. - What is the most common cause of endogenous diseases? - How do life-saving drugs act? - What is the traditional process of drug discovery? What is the success rate of this process? - How can the knowledge about proteins aid in the process of drug development? - Name two experimental methods for finding the precise arrangement of every atom of a protein. Do they work for every protein? - What is the topic of the book?

9aug17

http://bqmc.wikispaces.com/Recomended+films+and+books



Software:

vmd191win32.msi

NAMD_2.9_Win32-multicore

pymol 0.99rc6

Python(x,y)-2.7.6.1.exe

biopython-1.64.win32-py2.7.exe

Syllabus







Due date: 9aug17

Preface 1. What is the biggest challenge for the next generation of scientists? 2. What is regarded as the "Holy Grail" of biology? 3. For what purposes has structure prediction been used? 4. What would be an inadequate way to use an approximate model of a protein?

Due date: 15aug17

Section 1.1 - What is life? - What is special about a peptidic bond? - What kind of protein is pepsin? - How many residues are there between both D's of the active site of pepsin? - What do antibodys and proteases have in common?  code RMSD, Rg, SASA, RMSF http://en.wikipedia.org/wiki/Root-mean-square_deviation_of_atomic_positions http://en.wikipedia.org/wiki/Radius_of_gyration http://en.wikipedia.org/wiki/Accessible_surface_area http://en.wikipedia.org/wiki/Root_mean_square_fluctuation code

code Conservative Force http://en.wikipedia.org/wiki/Conservative_force code

code Molecular Dynamics http://en.wikipedia.org/wiki/Molecular_dynamics code

code Link to the paper by M. Levitt [] code

code 15mar code

code http://image.slidesharecdn.com/che452-ch1-130404175154-phpapp02/95/che452-chapter-1-35-638.jpg?cb=1365116020 code

code http://www.imgt.org/IMGTeducation/Aide-memoire/_UK/aminoacids/formuleAA/ code

code https://quizlet.com/2567769/flashcards code

code Due date: 14mar code

code Introducción (pp. XVI-XIX) code

code - Name five physiological processes where proteins participate. - What is the most common cause of endogenous diseases? - How do life-saving drugs act? - What is the traditional process of drug discovery? What is the success rate of this process? - How can the knowledge about proteins aid in the process of drug development? - Name two experimental methods for finding the precise arrangement of every atom of a protein. Do they work for every protein? - What is the topic of the book? code

code Due date: 15mar code

code Section 1.3 - What amino acids have a Sulphur atom? Do they behave in the same manner? - What happens to charged residues when they are "buried"? - What residues can interact with metals? - Provide two important features of aromatic residues. code

code 27mar code

code 0 Diabetes 1 Influenza 2 Alzheimer 3 Creutzfeldt-Jakob disease 4 Helicobacter pylori 5 Leptin 6 Epigenetics 7 Cancer 8 Dengue 9 Ecology code

code code

code Software: code

code vmd191win32.msi code

code NAMD_2.9_Win32-multicore code

code pymol 0.99rc6 code

code Python(x,y)-2.7.6.1.exe biopython-1.64.win32-py2.7.exe code

code 25mar code

code Syllabus code

code code

code code

code code

code Due date: 31mar code

code Preface 1. What is the biggest challenge for the next generation of scientists? 2. What is regarded as the "Holy Grail" of biology? 3. For what purposes has structure prediction been used? 4. What would be an inadequate way to use an approximate model of a protein? code

code Due date: 1apr code

 code  Sección 1.1 - What is life? - What is special about a peptidic bond? - What kind of protein is pepsin? - How many residues are there between both D's of the active site of pepsin? - What do antibodys and proteases have in common? Bioinformatics Aug-Dec 2014

26feb

 [] []

 Docking servers

0 [] 1 [] 2 [] 3 [] 4 [] 5 [] 6 [] 7 [] 8 <span style="background-image: url(">[] 9 <span style="background-image: url(">[] <span style="background-image: url("> []

<span style="box-sizing: border-box; display: block; font-size: 13.3333px; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> Due date 26jan Section 4.5 - What do values in a PAM matrix represent? - In a PAM matrix, suppose f_ALA=0.3, f_SER=0.2, f_ALA-SER=0.3. Calculate the entry ALA-SER of the PAM matrix. - How are BLOSUM matrices derived? <span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> - Consider the matrices PAM100, PAM250, BLOSUM62, BLOSUM90. Which matrices would be best for comparing closely related sequences? - What is the purpose of programs such as BLAST? <span style="box-sizing: border-box; display: block; font-size: 13.3333px; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> Section 4.6 - Given a protein of unknown structure, what is the first step to identify a template for modeling? <span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> - What sequences are usually discarded in a BLAST query? - In what cases is the distinction of orthologous and paralogous sequences important? - What is the masking option of BLAST?

Due date 20jan Section 1.8 - What is a "zinc finger"? - Why is it important to locate the largest cleft in a protein? - What is a "moonlight protein"? - What is a "natively unfolded protein"? <span style="box-sizing: border-box; display: block; font-size: 13.3333px; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> Section 1.9 - What is the "genetic code"? - What is a "Reading Frame"? - What is a potential effect of high radiation energy on DNA? - What kind of errors can arise during DNA replication? - What can happen if there is a mutation in a stop codon? - Describe a way in which a new species can appear. - What is the difference between homologous, analogous, paralogous and orthologous proteins?

<span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> Script to calculate Rg

set sel [atomselect top protein] set n [molinfo top get numframes] for { set i 0 } { $i < $n } { incr i } { $sel frame $i $sel update puts [measure rgyr $sel] }

Section 1.4 Optional. If there are any questions we can discuss them in class.

Due date: 4sep Section 1.5 - What resolution is expected for a good model in the PDB? - Why is the residue number in the PDB file format not necessarily consecutive? - What value is usually written in the B field in NMR models?

Due date: 8sep Section 1.6 - How can we use a distance map to identify regions in a protein that are close to each other? - Describe the classification method in CATH. - What are the main Class types in SCOP? Section 1.7 - What leads to an increase in entropy during protein folding? - How did Anfinsen achieve the denaturation of a protein in his experiment? - Why is Levinthal's paradox important?

Link to the paper by M. Levitt <span style="background-image: url("> []

<span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> Due date: 28aug

Section 1.2 - What is a dihedral angle? - What is the usual size of a dihedral angle in a peptidic bond? - How many residues per turn has an alpha-helix? - Why is a 3(10) helix less stable than an alpha-helix? - What kind of secondary structure would have several dihedral angles in "forbidden" regions of the Ramachandran plot? - Define the following: Supersecondary structure, Motif, Fold, Domain. - What is the difference between architecture and topology of a protein?

Due date: 1st september

Section 1.3 - What amino acids have a Sulphur atom? Do they behave in the same manner? - What happens to charged residues when they are "buried"? - What residues can interact with metals? - Provide two important features of aromatic residues.

Due date: 21aug

Introducción (pp. XVI-XIX)

- Name five physiological processes where proteins participate. - What is the most common cause of endogenous diseases? - How do life-saving drugs act? - What is the traditional process of drug discovery? What is the success rate of this process? - How can the knowledge about proteins aid in the process of drug development? - Name two experimental methods for finding the precise arrangement of every atom of a protein. Do they work for every protein? - What is the topic of the book?

Due date: 25aug

Sección 1.1

- What is life? - What is special about a peptidic bond? - What kind of protein is pepsin? - How many residues are there between both D's of the active site of pepsin? - What do antibodys and proteases have in common?

18aug

<span style="background-image: url("> []

<span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> Due date: 18aug Preface 1. What is the biggest challenge for the next generation of scientists? 2. What is regarded as the "Holy Grail" of biology? 3. For what purposes has structure prediction been used? 4. What would be an inadequate way to use an approximate model of a protein?

14aug

0 Diabetes 1 Influenza 2 Alzheimer 3 Creutzfeldt-Jakob disease 4 Helicobacter pylori 5 Leptin 6 Epigenetics 7 Cancer 8 Dengue 9 Ecology

<span style="background: transparent; box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;">

<span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> 12aug

Python(x,y)-2.7.6.1.exe

biopython-1.64.win32-py2.7.exe

vmd191win32.msi

NAMD_2.9_Win32-multicore

pymol 0.99rc6

11aug

<span style="box-sizing: border-box; color: #0000ee; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> Syllabu s

<span style="background: transparent; box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;">



<span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> ............................................................. 18oct13

<span style="background-image: url("> [] <span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> carma -verb -fit my.dcd my.psf carma -v -rg -atmid ALLID -segid A my.dcd my.psf <span style="box-sizing: border-box; color: #333333; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> carma -v -cov -dot my.dcd my.psf

<span style="background-image: url("> @http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/vmd-l/att-18670/sasa.tcl

[]

<span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> 14ago13

<span style="background-image: url("> []

[|http://www.ks.uiuc.edu/Training/CaseStudies/index.html#aqpcs]

<span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> 9ago13

<span style="background-image: url("> [] [] [] []

<span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> 31jul13

<span style="background-image: url("> []

[]

[]

[]

[]

[]

<span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> 4jul13

<span style="background-image: url("> []

[]

[]

[]

<span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> 1jul13

<span style="background-image: url("> []

[]

[]

[]

[]

[]

<span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> Bioinformatics Semestre 2012-2013-1 (ago-dic 2012)

29nov12

2sni, 2ci2 ligand, 2st1 receptor

<span style="background-image: url("> [|http://hexserver.loria.fr]

<span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> I56, Y104

<span style="background-image: url("> []

<span style="background-color: #ffffff; box-sizing: border-box; display: block; font-size: 14px; margin-right: 58px; position: relative; z-index: 10;"><span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;">15oct12

<span style="background-image: url("> [] [] [|http://www.nobelprize.org/nobel_prizes/medicine/laureates/2012/#] [] []

<span style="background-color: #ffffff; box-sizing: border-box; display: block; font-size: 14px; margin-right: 58px; position: relative; z-index: 10;"><span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> # import random aa='ACDEFG' cadena=''.join(random.choice(aa) for x in range(70)) print cadena

<span style="background-image: url("> []

<span style="background-color: #ffffff; box-sizing: border-box; display: block; font-size: 14px; margin-right: 58px; position: relative; z-index: 10;"><span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;">Lista de -ome's <span style="background-image: url("> []

<span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> Tarea para el 17oct12

<span style="background-image: url("> []

<span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> ¿Con cuántos caracteres se puede escribir el genoma humano? ¿En qué año inició el Proyecto Genoma? ¿En qué año se concluyó el Proyeto Genoma? ¿Qué es la medicina genómica? ¿Qué porcentaje del genoma humano se ha encontrado conservado en todos los mamíferos? ¿Qué funciones tienen las secuencias no codificantes? ¿Qué es el Genome 10K, HAPMAP, 1000 Genomes? ¿Cuántos genes se tenían identificados en el 2010? ¿Qué tipo de enfermedades suelen estar asociadas con mutaciones en regiones codificantes y no-codificantes? ¿Cuál fue el costo del Proyecto Genoma? ¿Cuál es el costo actual de secuenciar un exoma humano? ¿Cuánto cobra la compañía Knome por secuenciar un genoma completo? ¿Cuáles son las cinco áreas de investigación en genómica? ¿En cuáles puede tener impacto la bioinformática?

<span style="background-image: url("> []

<span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> ¿Qué es la epigenética y cómo podemos aprovecharla en la vida diaria?

<span style="background-color: #ffffff; box-sizing: border-box; display: block; font-size: 14px; margin-right: 58px; position: relative; z-index: 10;"><span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;">Tarea para el 10oct12

<span style="background: transparent; box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;">

<span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> -¿Qué premio ganó el proyecto que se describe? -¿En qué consiste el proyecto? -¿Qué paradigma de inteligencia artifical se usó en este proyecto? -¿Qué trabajo a futuro para este proyecto se menciona?

<span style="background-image: url("> []

<span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> -¿Qué es la genética? ¿Qué es la genómica? ¿Cuál es la diferencia? -Definir brevemente los siguientes conceptos: gen, genotipo, fenotipo, heterosis, epistasis, pleiotropy, genetic locus, allele.

<span style="background-color: #ffffff; box-sizing: border-box; display: block; font-size: 14px; margin-right: 58px; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; position: relative; width: 395.733px; z-index: 10;">Tarea para el 3oct12

Sección ** 4.7 ** -¿Por qué el problema de los dominios no tiene una solución clara? -¿Cuál suele ser el tamaño de un dominio? -¿Cómo se puede identificar un dominio en una secuencia recién obtenida? -¿Qué significa "invertir la búsqueda"?¿Por qué es importante?

<span style="background-color: #ffffff; box-sizing: border-box; display: block; font-size: 14px; margin-right: 58px; position: relative; z-index: 10;"><span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;">24sep12

<span style="background-image: url("> []

<span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> Tarea para el 26sep12 Sección 1.9 -¿Qué es el código genético? -¿Qué es un "Reading Frame"? -¿Qué puede causar la radiación de alta energía en el ADN? -¿Qué tipos de errores pueden surgir en la replicación del ADN? -¿Qué puede suceder si hay una mutación en un codón de paro? -Describir una manera en que puede surgir una nueva especie. -¿Cuál es la diferencia entre proteínas homólogas, análogas y ortólogas, parálogas?

<span style="background-color: #ffffff; box-sizing: border-box; display: block; font-size: 14px; margin-right: 58px; position: relative; z-index: 10;"><span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;">20sep12

<span style="background-image: url("> []

<span style="background: transparent; box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;">





<span style="background-color: #ffffff; box-sizing: border-box; display: block; font-size: 14px; margin-right: 58px; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; position: relative; width: 395.733px; z-index: 10;">Tarea para el 3sep12 Sección 1.3 -¿Qué aminoácidos tienen un átomo de azufre? ¿Se comportan igual? -¿Qué sucede con los aminoácidos cargados cuando están “enterrados”? -¿Qué aminoácidos pueden asociarse con metales? -Mencione dos características importantes de los aminoácidos aromáticos. Sección 1.4 Traten de leerla, si tienen dudas las comentamos. Sección 1.5 -¿Qué margen de error puede tener un buen modelo en el PDB? -¿Por qué el número de residuo en el formato PDB no es necesariamente consecutivo? -¿Qué valor suele ponerse en el campo B de los átomos en un modelo de RMN?

<span style="background-color: #ffffff; box-sizing: border-box; display: block; font-size: 14px; margin-right: 58px; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; position: relative; width: 395.733px; z-index: 10;">Tarea para el 29ago12 Sección 1.2 -¿Qué es un ángulo dihedro? -¿Cuánto suele medir el ángulo dihedro de un enlace peptídico? -¿Cuántos aminoácidos por vuelta tiene una hélice alfa? -¿Por qué la hélice 3(10) es menos estable que la hélice alfa? -¿Qué estructura secundaria tendría muchos de sus ángulos dihedros en regiones "prohibidas" del diagrama de Ramachandran? -¿A qué se le llama estructura supersecundaria, motif, pliegue o dominio? -¿Cuál es la diferencia entre arquitectura y topología de una proteína?

<span style="background-color: #ffffff; box-sizing: border-box; display: block; font-size: 14px; margin-right: 58px; position: relative; z-index: 10;"><span style="background: transparent; box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;">

<span style="background-image: url("> [|http://en.wikipedia.org/wiki/Wikipedia:WikiProject_Molecular_and_Cellular_Biology/PyMol_tutorial#Basic_usage]

<span style="background-color: #ffffff; box-sizing: border-box; display: block; font-size: 14px; margin-right: 58px; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; position: relative; width: 395.733px; z-index: 10;">Tarea para el 27ago12

Introducción (pp. XVI-XIX)

-Mencione cinco procesos fisiológicos donde participen las proteínas. -¿Cuál es la causa más común de las enfermedades endógenas? -Mencionar una manera en que funcionan los fármacos. -¿Cuál es el algoritmo tradicional para descubrir un fármaco? ¿Cuál es su tasa de éxito? -¿De qué manera puede ayudar el conocimiento sobre las proteínas al proceso de desarrollo de fármacos? -Mencionar dos métodos experimentales para determinar la estructura de una proteína. ¿Por qué no se estudia la estructura de todas las proteínas con estos métodos? -¿Cuál es el tema del libro?

Sección 1.1

-¿Qué es la vida? -¿Qué características especiales tiene un enlace peptídico? -¿Qué tipo de proteína es la pepsina? -¿Cuántos aminoácidos hay entre las 2 D del sitio activo de la pepsina? -¿Qué tienen en común los anticuerpos y las proteasas?

<span style="background-color: #ffffff; box-sizing: border-box; display: block; font-size: 14px; margin-right: 58px; position: relative; z-index: 10;"><span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;">20ago12 <span style="background-image: url("> [|alternativa TA-PrStPr]

<span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> 1. ¿Cuál es el mayor reto de la siguiente generación de científicos? 2. ¿A que se le conoce como el “Santo Grial” de la biología? 3. ¿Para qué fines se ha usado la predicción de estructura? 4. ¿Cuál sería una manera inadecuada de usar un modelo aproximado de una proteína?

<span style="background-color: #ffffff; box-sizing: border-box; display: block; font-size: 14px; margin-right: 58px; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; position: relative; width: 395.733px; z-index: 10;">Aportaciones que puede realizar un Ingeniero en Sistemas Computacionales a la Bioinformática:


 * Generación de visualizaciones gráficas atractivas a la vista e interactivas que ayuden a comprender de mejor manera el funcionamiento de procesos físicos y químicos de relevancia biológica.
 * Realización de modelos y simulaciones computacionales que ayuden a estudiar y/o a predecir el comportamiento de sistemas moleculares. Implementación de los mismos en ambientes masivamente paralelos.
 * Aplicar la estadística, la teoría de lenguajes, la teoría de la información y la inteligencia artificial al estudio de las secuencias biológicas.
 * Implantación y manejo de bases de datos eficientes para organizar información biológica.
 * Manejo de redes de colaboración via internet, así como servicios web.
 * Desarrollo y mejora de hardware de cómputo e instrumentación.
 * ACELERAR el avance de la investigación en Ciencias de la Vida.

<span style="background-color: #ffffff; box-sizing: border-box; display: block; font-size: 14px; margin-right: 58px; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; position: relative; width: 395.733px; z-index: 10;"> Aportaciones que puede realizar la Bioinformática a un Ingeniero en Sistemas Computacionales


 * Propone un campo fértil, apasionante y enormemente relevante para el ingenio y las habilidades desarrolladas en su formación.
 * Sugiere maneras de abordar problemas que pueden solucionar problemas que no encuentran respuesta en la Teoría de la Computación convencional.
 * Ofrece un conjunto de fenómenos que pueden ser traducidos a operaciones de cómputo con ventajas potenciales sobre las computadoras convencionales.
 * Ser pioneros en un área de gran desarrollo y que no requiere de muchos recursos económicos para aprender.

<span style="background-color: #ffffff; box-sizing: border-box; display: block; font-size: 14px; margin-right: 58px; position: relative; z-index: 10;"><span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> Software para el curso

python-2.6.2.msi numpy-1-3-0-win32-superpack-python2.6.exe scipy-0.7.1-win32-superpack-python2.6.exe biopython-1.51b.win32-py2.6.exe PIL-1.1.7.win32-py2.6.exe vmd187win32 pymol_win32 gnuplot

1- Ejecutar (en este orden)

python-2.6.2.msi blender-2.49b-windows.exe numpy-1-3-0-win32-superpack-python2.6.exe scipy-0.7.1-win32-superpack-python2.6.exe biopython-1.51b.win32-py2.6.exe PIL-1.1.7.win32-py2.6.exe PyOpenGL-3.0.1b2.win32.exe PyOpenGL-accelerate-3.0.1b2.win32-py2.6.exe vmd187win32

2- En el directorio pymol_win32, ejecutar

SETUP.EXE

3- Copiar las siguientes carpetas al Escritorio

gnuplot PyOpenGL-Demo-3.0.1a1

<span style="background: transparent; box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> Temario

<span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> Instrucciones para elaboración de reportes de prácticas

<span style="background: transparent; box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;">

<span style="background-image: url("> [|TA-PrStPr] [|alternativa TA-PrStPr]

[|archivoDBCS.zip]

[|archivo00HG.zip] [|alternativa HG]

<span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> Bioinformática I Semestre 2011-2012-1 (ago-dic 2011)

14nov11

<span style="background-image: url("> [] []

[]

[]

<span style="background-color: #ffffff; box-sizing: border-box; display: block; font-size: 14px; margin-right: 58px; position: relative; z-index: 10;"><span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;">7nov11

<span style="background-image: url("> []

<span style="background-color: #ffffff; box-sizing: border-box; display: block; font-size: 14px; margin-right: 58px; position: relative; z-index: 10;"><span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;">24oct11

<span style="background-image: url("> []

<span style="background-color: #ffffff; box-sizing: border-box; display: block; font-size: 14px; margin-right: 58px; position: relative; z-index: 10;"><span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;">17oct11 2sni 2ci2 2st1 <span style="background-image: url("> []

<span style="background-color: #ffffff; box-sizing: border-box; display: block; font-size: 14px; margin-right: 58px; position: relative; z-index: 10;"><span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;">10oct11

<span style="background-image: url("> [] [] [] [|http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#htoc6]

<span style="background-color: #ffffff; box-sizing: border-box; display: block; font-size: 14px; margin-right: 58px; position: relative; z-index: 10;"><span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;">3oct11

<span style="background-image: url("> [] [] [|http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#htoc6]

<span style="background-color: #ffffff; box-sizing: border-box; display: block; font-size: 14px; margin-right: 58px; position: relative; z-index: 10;"><span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;">26sep11

<span style="background-image: url("> [] [] [] []

<span style="background-color: #ffffff; box-sizing: border-box; display: block; font-size: 14px; margin-right: 58px; position: relative; z-index: 10;"><span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;">22ago11

<span style="background: transparent; box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;">

<span style="background-color: #ffffff; box-sizing: border-box; display: block; font-size: 14px; margin-right: 58px; position: relative; z-index: 10;"><span style="background-image: url(">[]

<span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> Software para el curso

python-2.6.2.msi numpy-1-3-0-win32-superpack-python2.6.exe scipy-0.7.1-win32-superpack-python2.6.exe biopython-1.51b.win32-py2.6.exe PIL-1.1.7.win32-py2.6.exe vmd187win32 pymol_win32 gnuplot

1- Ejecutar (en este orden)

python-2.6.2.msi blender-2.49b-windows.exe numpy-1-3-0-win32-superpack-python2.6.exe scipy-0.7.1-win32-superpack-python2.6.exe biopython-1.51b.win32-py2.6.exe PIL-1.1.7.win32-py2.6.exe PyOpenGL-3.0.1b2.win32.exe PyOpenGL-accelerate-3.0.1b2.win32-py2.6.exe vmd187win32

2- En el directorio pymol_win32, ejecutar

SETUP.EXE

3- Copiar las siguientes carpetas al Escritorio

gnuplot PyOpenGL-Demo-3.0.1a1

<span style="background: transparent; box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> Temario

<span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> Instrucciones para elaboración de reportes de prácticas

<span style="background: transparent; box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;">

<span style="background-image: url("> [|TA-PrStPr] [|alternativa TA-PrStPr]

[|archivoDBCS.zip]

[|archivo00HG.zip] [|alternativa HG]

<span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> Aportaciones que puede realizar un Ingeniero en Sistemas Computacionales a la Bioinformática:


 * Generación de visualizaciones gráficas atractivas a la vista e interactivas que ayuden a comprender de mejor manera el funcionamiento de procesos físicos y químicos de relevancia biológica.
 * Realización de modelos y simulaciones computacionales que ayuden a estudiar y/o a predecir el comportamiento de sistemas moleculares. Implementación de los mismos en ambientes masivamente paralelos.
 * Aplicar la estadística, la teoría de lenguajes, la teoría de la información y la inteligencia artificial al estudio de las secuencias biológicas.
 * Implantación y manejo de bases de datos eficientes para organizar información biológica.
 * Manejo de redes de colaboración via internet, así como servicios web.
 * Desarrollo y mejora de hardware de cómputo e instrumentación.
 * ACELERAR el avance de la investigación en Ciencias de la Vida.

<span style="background-color: #ffffff; box-sizing: border-box; display: block; font-size: 14px; margin-right: 58px; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; position: relative; width: 395.733px; z-index: 10;"> Aportaciones que puede realizar la Bioinformática a un Ingeniero en Sistemas Computacionales


 * Propone un campo fértil, apasionante y enormemente relevante para el ingenio y las habilidades desarrolladas en su formación.
 * Sugiere maneras de abordar problemas que pueden solucionar problemas que no encuentran respuesta en la Teoría de la Computación convencional.
 * Ofrece un conjunto de fenómenos que pueden ser traducidos a operaciones de cómputo con ventajas potenciales sobre las computadoras convencionales.
 * Ser pioneros en un área de gran desarrollo y que no requiere de muchos recursos económicos para aprender.

<span style="background-color: #ffffff; box-sizing: border-box; display: block; font-size: 14px; margin-right: 58px; position: relative; z-index: 10;"><span style="background-image: url("> [|ref_p]

<span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> Bioinformática II

Semestre 2010-2011-2 (ene-jun 2010)

<span style="background: transparent; box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> Temario

<span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> 30may11

<span style="background-image: url("> []

<span style="background-color: #ffffff; box-sizing: border-box; display: block; font-size: 14px; margin-right: 58px; position: relative; z-index: 10;"><span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> 23may11

<span style="background-color: transparent; background-image: url("> []

<span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> /usr/lib64/openmpi/1.2.7-gcc/bin/mpicc fuente.c -o ejecutable.exe

<span style="background-color: transparent; box-sizing: border-box; display: block; font-family: serif; font-size: 16px; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; vertical-align: baseline; width: 395.733px;"> /usr/lib64/openmpi/1.2.7-gcc/bin/mpirun -np 5 ejecutable.exe

<span style="background-color: #ffffff; box-sizing: border-box; display: block; font-size: 14px; margin-right: 58px; position: relative; z-index: 10;"><span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> 2mayo11

<span style="background-color: initial; background-image: url("> []

<span style="background-color: #ffffff; box-sizing: border-box; display: block; font-size: 14px; margin-right: 58px; position: relative; z-index: 10;"><span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> 4abr11

<span style="background: transparent; box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;">



<span style="background-color: #ffffff; box-sizing: border-box; display: block; font-size: 14px; margin-right: 58px; position: relative; z-index: 10;"><span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> 28mar11

<span style="background-image: url("> []

[]

<span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> Script para pasar las imágenes a una lista

<span style="background: transparent; box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;">

<span style="background-color: #ffffff; box-sizing: border-box; display: block; font-size: 14px; margin-right: 58px; position: relative; z-index: 10;"><span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> 14mar11

<span style="background: transparent; box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;">

<span style="background-color: #ffffff; box-sizing: border-box; display: block; font-size: 14px; margin-right: 58px; position: relative; z-index: 10;"><span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> 28feb11

<span style="background: transparent; box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;">

<span style="background-color: initial; background-image: url("> [|Applet de PSO]

<span style="background-color: #ffffff; box-sizing: border-box; display: block; font-size: 14px; margin-right: 58px; position: relative; z-index: 10;"><span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> 21feb11

<span style="background: transparent; box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;">

<span style="background-color: #ffffff; box-sizing: border-box; display: block; font-size: 14px; margin-right: 58px; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; position: relative; width: 395.733px; z-index: 10;"> 8feb11

Tarea para el viernes 11 de febrero 2011 (enviar respuestas por e-mail).

Leer <span style="background-image: url(">[]

y contestar lo siguiente:

1- Explicar con sus propias palabras la diferencia entre las ideas de Lamarck y las de Darwin.

2- ¿Qué es un cuello de botella génico?

3- ¿Qué dice el principio de Hardy-Weinberg?

<span style="background-color: #ffffff; box-sizing: border-box; display: block; font-size: 14px; margin-right: 58px; position: relative; z-index: 10;"><span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> Software a utilizar en el curso

Software para Bioinformática II Semestre 2010-2011/2

13/08/2009 07:54 p.m. 1,227,060 biopython-1.51b.win32-py2.6.exe

30/07/2010 07:19 p.m. <DIR> gnuplot

13/08/2009 07:56 p.m. 5,025,303 numpy-1.3.0-win32-superpack-python2.6.exe

02/02/2010 10:21 a.m. 838,324 PIL-1.1.7.win32-py2.6.exe

02/02/2010 10:18 a.m. 1,092,956 PyOpenGL-3.0.1b2.win32.exe

02/02/2010 10:19 a.m. 333,818 PyOpenGL-accelerate-3.0.1b2.win32-py2.6.exe

30/07/2010 07:33 p.m. <DIR> PyOpenGL-Demo-3.0.1a1

13/08/2009 07:51 p.m. 14,536,192 python-2.6.2.msi

02/02/2010 10:22 a.m. 42,621,854 scipy-0.7.1-win32-superpack-python2.6.exe

1- Ejecutar (en este orden)

python-2.6.2.msi

numpy-1-3-0-win32-superpack-python2.6.exe

scipy-0.7.1-win32-superpack-python2.6.exe

biopython-1.51b.win32-py2.6.exe

PIL-1.1.7.win32-py2.6.exe

PyOpenGL-3.0.1b2.win32.exe

PyOpenGL-accelerate-3.0.1b2.win32-py2.6.exe

2- Copiar las siguientes carpetas al Escritorio

gnuplot

PyOpenGL-Demo-3.0.1a1

<span style="box-sizing: border-box; display: block; margin: 0px; min-height: 100px; padding: 0px; width: 395.733px;"> Bioinformática I

Semestre 2010-2011-1 (ago-dic 2010)

Práctica 7

<span style="background-attachment: initial; background-clip: initial; background-color: initial; background-image: url("> []

<span style="box-sizing: border-box; display: block; margin: 0px; min-height: 100px; padding: 0px; width: 395.733px;"> Seguir el siguiente tutorial, pero usando la ubiquitina (1UBQ.pdb) <span style="background: transparent; box-sizing: border-box; cursor: pointer; display: block; margin: 0px; min-height: 100px; padding: 0px; width: 395.733px;"> http://bqmc.wikispaces.com/EjemploGromacs4

<span style="background-color: #ffffff; box-sizing: border-box; display: block; font-size: 14px; margin-right: 58px; position: relative; z-index: 10;"><span style="box-sizing: border-box; display: block; margin: 0px; min-height: 100px; padding: 0px; width: 395.733px;"> Martes 19oct10 Clase Jueves 21oct10 Examen de prueba en el salón de clases Viernes 22oct10 Fecha límite de entrega del reporte de la práctica 6 y tarea de predicción de estructuras Lunes 25oct10 2o Examen parcial

Práctica 6

<span style="background-attachment: initial; background-clip: initial; background-color: initial; background-image: url("> []

[]

[]

[]

<span style="background-color: #ffffff; box-sizing: border-box; display: block; font-size: 14px; margin: 0px; min-height: 100px; padding: 0px; position: relative; width: 395.733px; z-index: 10;"> Tarea Introducción al análisis de secuencias

-Escribir un programa en Python que encuentre el mejor alineamiento entre la secuencia ATGGTCGAG y estas secuencias:

AAATTCTCG TTGCCGAGT

<span style="background: transparent; box-sizing: border-box; cursor: pointer; display: block; font-size: 14px; margin: 0px; min-height: 100px; padding: 0px; position: relative; width: 395.733px; z-index: 10;">

<span style="background-color: #ffffff; box-sizing: border-box; display: block; font-size: 14px; margin-right: 58px; position: relative; z-index: 10;"><span style="box-sizing: border-box; display: block; margin: 0px; min-height: 100px; padding: 0px; width: 395.733px;">Práctica 5

-Escribir un programa en Python que lea un archivo PDB e imprima la estructura primaria de la proteína en código de 1 letra usando un diccionario.

-Seguir el siguiente tutorial de introducción a Pymol. <span style="background-image: url("> []

<span style="background-color: #ffffff; box-sizing: border-box; display: block; font-size: 14px; margin: 0px; min-height: 100px; padding: 0px; position: relative; width: 395.733px; z-index: 10;">Práctica 1

Descargar 1UBQ.pdb y 2ZIJ.pdb del PDB

Abrir 1UBQ.pdb en VMD, visualizar aminoácidos individuales

Buscar "aminoácido" en wikipedia, identificar aminoácidos no representados en la secuencia de 1UBQ. Buscarlos en 2ZIJ.

Visualizar los aminoácidos por categorías (Figura "Otra forma de clasificar los aminoácidos de acuerdo a su cadena lateral." del artículo en wikipedia).

Escribir un script en python que lea un archivo pdb e imprima las coordenadas de los átomos que contiene.

<span style="background-color: #ffffff; box-sizing: border-box; display: block; font-size: 14px; margin-right: 58px; position: relative; z-index: 10;"><span style="background: transparent; box-sizing: border-box; cursor: pointer; display: block; margin: 0px; min-height: 100px; padding: 0px; width: 395.733px;"> Temario <span style="box-sizing: border-box; display: block; margin: 0px; min-height: 100px; padding: 0px; width: 395.733px;"> Instrucciones para elaboración de reportes de prácticas <span style="background: transparent; box-sizing: border-box; cursor: pointer; display: block; margin: 0px; min-height: 100px; padding: 0px; width: 395.733px;">

<span style="background-attachment: initial; background-clip: initial; background-color: initial; background-image: url("> [|TA-PrStPr] <span style="background-image: url("> [|archivoDBCS.zip] <span style="background-attachment: initial; background-clip: initial; background-color: initial; background-image: url("> [|archivo00HG.zip] [|ref_p]

<span style="box-sizing: border-box; display: block; margin: 0px; min-height: 100px; padding: 0px; width: 395.733px;"> Aportaciones que puede realizar un Ingeniero en Sistemas Computacionales a la Bioinformática:
 * Generación de visualizaciones gráficas atractivas a la vista e interactivas que ayuden a comprender de mejor manera el funcionamiento de procesos físicos y químicos de relevancia biológica.
 * Realización de modelos y simulaciones computacionales que ayuden a estudiar y/o a predecir el comportamiento de sistemas moleculares. Implementación de los mismos en ambientes masivamente paralelos.
 * Aplicar la estadística, la teoría de lenguajes, la teoría de la información y la inteligencia artificial al estudio de las secuencias biológicas.
 * Implantación y manejo de bases de datos eficientes para organizar información biológica.
 * Manejo de redes de colaboración via internet, así como servicios web.
 * Desarrollo y mejora de hardware de cómputo e instrumentación.
 * ACELERAR el avance de la investigación en Ciencias de la Vida.

<span style="background-color: #ffffff; box-sizing: border-box; display: block; font-size: 14px; margin: 0px; min-height: 100px; padding: 0px; position: relative; width: 395.733px; z-index: 10;"> Aportaciones que puede realizar la Bioinformática a un Ingeniero en Sistemas Computacionales
 * Propone un campo fértil, apasionante y enormemente relevante para el ingenio y las habilidades desarrolladas en su formación.
 * Sugiere maneras de abordar problemas que pueden solucionar problemas que no encuentran respuesta en la Teoría de la Computación convencional.
 * Ofrece un conjunto de fenómenos que pueden ser traducidos a operaciones de cómputo con ventajas potenciales sobre las computadoras convencionales.
 * Ser pioneros en un área de gran desarrollo y que no requiere de muchos recursos económicos para aprender.

<span style="background-color: #ffffff; box-sizing: border-box; display: block; font-size: 14px; margin-right: 58px; position: relative; z-index: 10;"><span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> Bioinformática I

Semestre 2008-2009-1 (ago-dic 08)

<span style="background: transparent; box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> Temario

<span style="background-image: url("> [|archivo00HG.zip] [|archivoDBCS.zip]

<span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> Aportaciones que puede realizar un Ingeniero en Sistemas Computacionales a la Bioinformática:
 * Generación de visualizaciones gráficas atractivas a la vista e interactivas que ayuden a comprender de mejor manera el funcionamiento de procesos físicos y químicos de relevancia biológica.
 * Realización de modelos y simulaciones computacionales que ayuden a estudiar y/o a predecir el comportamiento de sistemas moleculares. Implementación de los mismos en ambientes masivamente paralelos.
 * Aplicar la estadística, la teoría de lenguajes, la teoría de la información y la inteligencia artificial al estudio de las secuencias biológicas.
 * Implantación y manejo de bases de datos eficientes para organizar información biológica.
 * Manejo de redes de colaboración via internet, así como servicios web.
 * Desarrollo y mejora de hardware de cómputo e instrumentación.
 * ACELERAR el avance de la investigación en Ciencias de la Vida.

<span style="background-color: #ffffff; box-sizing: border-box; display: block; font-size: 14px; margin-right: 58px; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; position: relative; width: 395.733px; z-index: 10;"> Aportaciones que puede realizar la Bioinformática a un Ingeniero en Sistemas Computacionales
 * Propone un campo fértil, apasionante y enormemente relevante para el ingenio y las habilidades desarrolladas en su formación.
 * Sugiere maneras de abordar problemas que pueden solucionar problemas que no encuentran respuesta en la Teoría de la Computación convencional.
 * Ofrece un conjunto de fenómenos que pueden ser traducidos a operaciones de cómputo con ventajas potenciales sobre las computadoras convencionales.
 * Ser pioneros en un área de gran desarrollo y que no requiere de muchos recursos económicos para aprender.

= Tema 1.2 = <span style="background-color: #ffffff; background-image: url(">[|archivo1.2TS.zip] [|TGS.pdf]

= Tema 1.3 =

<span style="background-color: #ffffff; box-sizing: border-box; display: block; font-size: 14px; margin-right: 58px; position: relative; z-index: 10;"><span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> Prólogo e Introducción de este documento <span style="background-image: url("> [|http://www.tdx.cesca.es/TDX-0623105-122829/index_cs.html#documents]

<span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> Ilustración en esta página: <span style="background-image: url("> []

<span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> Wikipedia dixit <span style="background-image: url("> []

<span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> Tema 1.4

<span style="background-image: url("> [|tema 1.4 secuencias biológicas.zip] [|bioética.zip]

<span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> Unidad 2

<span style="background-image: url("> [|Examen de Diagnóstico Bioinf I.zip]

[]

[|picocursosl.zip]

[|grafos.zip]

<span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> Jmol <span style="background-image: url("> [|binario] <span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> Tutorial <span style="background-image: url(">[]

JMol + Eclipse <span style="background-image: url("> []

<span style="background: transparent; box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;">





<span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> Bioinformática II Semestre 2008-2009/2

<span style="background: transparent; box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> Temario <span style="background-image: url("> [|archivoDBCS.zip] [|archivo00HG.zip]

<span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> Curso sobre optimización aplicada a la bioinformática <span style="background-image: url("> []

<span style="background: transparent; box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;">

<span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> Bioinformática I

Semestre 2009-2010-1 (ago-dic 09)

<span style="background: transparent; box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;">



<span style="background-image: url("> []

[]

<span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> ** Práctica de VMD **

<span style="background: transparent; box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;">

<span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> Simulación MC

<span style="background-image: url("> []

[]

<span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> ** Archivo de secuencias **

<span style="background: transparent; box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;">

Bioinformática II Semestre 2009-2010/2 (ene-jun 2010)
<span style="background-color: #ffffff; box-sizing: border-box; display: block; font-size: 14px; margin-right: 58px; position: relative; z-index: 10;"><span style="background: transparent; box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> Temario

<span style="background-image: url("> [|Introducción a tkInter]

<span style="background: transparent; box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;">





<span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> PSO

<span style="background: transparent; box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;">

<span style="background-image: url("> [|Applet de PSO]

<span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> Ejemplos de ANN <span style="background: transparent; box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;">



<span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> La tarea de ANN es entrenar una red para que reconozca entre dos patrones, el dígito 0 y el dígito 2, a partir de las imágenes del usps.

Imágenes para la tarea Fuente: <span style="background-image: url(">[]

<span style="background-image: url("> [] []

<span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> Script para pasar las imágenes a una lista

<span style="background: transparent; box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;">

<span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> La tarea de SOMs es modificar el ejemplo visto en el laboratorio para que además de distinguir entre los dígitos 0, 2 y 5 de las imágenes del usps, sea capaz de distinguir otros dos dígitos, al final distinguiría entre cinco dígitos en total.

<span style="background: transparent; box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;">

<span style="box-sizing: border-box; display: block; min-height: 100px; padding-bottom: 2em; width: 395.733px;"> from scipy.optimize import brute

import math

def f(x):

return 0.05*x*x-4*math.cos(x)

xopt=brute(f,[(-100,100)],Ns=10000)

<span style="background-image: url("> []