oldBioinformática

Bioinformatics Feb-May 2016

26apr

http://learn.genetics.utah.edu/content/epigenetics/

What is the Epigenome? Describe a process that turns genes on and off at the molecular level. Describe the effect of BPA on the Epigenome. Describe the effect of early-age nurturing in the Epigenome. How can Epigenetic Patterns be reversed?

22apr

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/ http://www.attotron.com/cybertory/analysis/trans.htm

(((((((((influenza a virus[Organism]) NOT partial)) NOT segment)) NOT patent)) AND h1n1)) AND neuraminidase

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastn&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome

http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/

15apr

http://wiki.bkslab.org/index.php/DOCK_Blaster:Tutorial_1
 * Small molecule docking**

Receptor/Protein: http://zdock.umassmed.edu/tutorial/files/TolB.pdb Ligand: http://zdock.umassmed.edu/tutorial/files/Pal.pdb Complex: http://www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=2HQS
 * Protein/Protein Docking**

0,1 http://zdock.umassmed.edu/tutorial/ 2,3 http://frodock.chaconlab.org/ 4,5 http://bioinfo3d.cs.tau.ac.il/PatchDock/ 6,7 http://vakser.compbio.ku.edu/resources/gramm/grammx/ 8,9 http://clsb.ices.utexas.edu/web/dock.html

Due date: 19apr

Section 1.9 - What is the "genetic code"? - What is a "Reading Frame"? - What is a potential effect of high radiation energy on DNA? - What kind of errors can arise during DNA replication? - What can happen if there is a mutation in a stop codon? - Describe a way in which a new species can appear. - What is the difference between homologous, analogous, paralogous and orthologous proteins?

9mar https://depts.washington.edu/bioethx/tools/princpl.html

Lab session 26feb

http://www.pdb.org

http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/vmd/tutorial-html/

Due date: 23feb

Section 1.2 - What is a dihedral angle? - What is the usual size of a dihedral angle in a peptidic bond? - How many residues per turn has an alpha-helix? - Why is a 3(10) helix less stable than an alpha-helix? - What kind of secondary structure would have several dihedral angles in "forbidden" regions of the Ramachandran plot? - Define the following: Supersecondary structure, Motif, Fold, Domain. - What is the difference between architecture and topology of a protein?

Due date: 24feb

Section 1.7 - What leads to an increase in entropy during protein folding? - How did Anfinsen achieve the denaturation of a protein in his experiment? - Why is Levinthal's paradox important?

Lab session 1 19feb

0 Diabetes 1 Influenza 2 Alzheimer 3 Creutzfeldt-Jakob disease 4 Helicobacter pylori 5 Leptin 6 Epigenetics 7 Cancer 8 Dengue 9 Ecology

0 Spain 1 Argentina 2 Japan 3 Germany 4 Italy 5 Switzerland 6 Chile 7 France 8 Denmark 9 Brazil

Due date: 17feb

Section 1.3 - What amino acids have a Sulphur atom? Do they behave in the same manner? - What happens to charged residues when they are "buried"? - What residues can interact with metals? - Provide two important features of aromatic residues.

Due date: 16feb

Introducción (pp. XVI-XIX)

- Name five physiological processes where proteins participate. - What is the most common cause of endogenous diseases? - How do life-saving drugs act? - What is the traditional process of drug discovery? What is the success rate of this process? - How can the knowledge about proteins aid in the process of drug development? - Name two experimental methods for finding the precise arrangement of every atom of a protein. Do they work for every protein? - What is the topic of the book?



Software:

vmd191win32.msi

NAMD_2.9_Win32-multicore

pymol 0.99rc6

Python(x,y)-2.7.6.1.exe biopython-1.64.win32-py2.7.exe

5feb

Syllabus







Due date: 9feb

Preface 1. What is the biggest challenge for the next generation of scientists? 2. What is regarded as the "Holy Grail" of biology? 3. For what purposes has structure prediction been used? 4. What would be an inadequate way to use an approximate model of a protein?

Due date: 10feb

Sección 1.1 - What is life? - What is special about a peptidic bond? - What kind of protein is pepsin? - How many residues are there between both D's of the active site of pepsin? - What do antibodys and proteases have in common?

Bioinformatics Mar-Jul 2015

19jun code >protein1 ASQDSFRIEYDTFGELKVPNDKYYGAQTVRSTMNFKIGGVTERMPIPVLKAFGILKRAAA EVNQDYGLDPKIANAIMKAADEVAEGKLNDHFPLVVWQTGSGTQTNMNVNEVISNRAIEM LGGELGSKKPVHPNDHVNKSQSSNDTFPTAMHIAAAVEVHEALLPGLQKLHDALDAKSRE FAQIIKIGRTHTQDAVPLTLGQEFSGYVQQVKYAITRIKAAMPRIYELAAGGTAVGTGLN TRIGFAEKVAAKVAALTGLPFVTAPNNFEALAAHDALVEHSGAMNTTACSLMKIANDIRF LGSGPRSGLGELILPENEPGSSIMPGKVNPTQCEALTMVAAQVMGNHVAVTVGGSNGHFE LNVFKPMMIKNVLHSARLLGDAAVSFTENCVVGIQANTERINKLMNESLMLVTALNPHIG YDKAAKIAKTAHKNGSTLKATAVELGYLTAEQFDEWVKPRDMLGPK code code >protein2 MAEPRQEFEVMEDHAGTYGLGDRKDQGGYTMHQDQEGDTDAGLKESPLQTPTEDGSEEPG SETSDAKSTPTAEDVTAPLVDEGAPGKQAAAQPHTEIPEGTTAEEAGIGDTPSLEDEAAG HVTQEPESGKVVQEGFLREPGPPGLSHQLMSGMPGAPLLPEGPREATRQPSGTGPEDTEG GRHAPELLKHQLLGDLHQEGPPLKGAGGKERPGSKEEVDEDRDVDESSPQDSPPSKASPA QDGRPPQTAAREATSIPGFPAEGAIPLPVDFLSKVSTEIPASEPDGPSVGRAKGQDAPLE FTFHVEITPNVQKEQAHSEEHLGRAAFPGAPGEGPEARGPSLGEDTKEADLPEPSEKQPA AAPRGKPVSRVPQLKARMVSKSKDGTGSDDKKAKTSTRSSAKTLKNRPCLSPKHPTPGSS DPLIQPSSPAVCPEPPSSPKYVSSVTSRTGSSGAKEMKLKGADGKTKIATPRGAAPPGQK GQANATRIPAKTPPAPKTPPSSGEPPKSGDRSGYSSPGSPGTPGSRSRTPSLPTPPTREP KKVAVVRTPPKSPSSAKSRLQTAPVPMPDLKNVKSKIGSTENLKHQPGGGKVQIINKKLD LSNVQSKCGSKDNIKHVPGGGSVQIVYKPVDLSKVTSKCGSLGNIHHKPGGGQVEVKSEK LDFKDRVQSKIGSLDNITHVPGGGNKKIETHKLTFRENAKAKTDHGAEIVYKSPVVSGDT SPRHLSNVSSTGSIDMVDSPQLATLADEVSASLAKQGL code Example of an homology modeling server: http://swissmodel.expasy.org/ code code Example of a threading server: http://raptorx.uchicago.edu/StructurePrediction/predict/ code

code Due date: 4jun code

code Section 1.2 - What is a dihedral angle? - What is the usual size of a dihedral angle in a peptidic bond? - How many residues per turn has an alpha-helix? - Why is a 3(10) helix less stable than an alpha-helix? - What kind of secondary structure would have several dihedral angles in "forbidden" regions of the Ramachandran plot? - Define the following: Supersecondary structure, Motif, Fold, Domain. - What is the difference between architecture and topology of a protein? code

code Section 4.5 - What do values in a PAM matrix represent? - In a PAM matrix, suppose f_ALA=0.3, f_SER=0.2, f_ALA-SER=0.3. Calculate the entry ALA-SER of the PAM matrix. - How are BLOSUM matrices derived? - Consider the matrices PAM100, PAM250, BLOSUM62, BLOSUM90. Which matrices would be best for comparing closely related sequences? - What is the purpose of programs such as BLAST? code

code 29may code

code Experiment 1 1uw1 1dcq code

code Experiment 2 [|4G7F] code

code [|3B97] code

code Experiment 3 code
 * 1GJH **
 * 1F16 **

code Due date: 27may code

code Section 1.9 - What is the "genetic code"? - What is a "Reading Frame"? - What is a potential effect of high radiation energy on DNA? - What kind of errors can arise during DNA replication? - What can happen if there is a mutation in a stop codon? - Describe a way in which a new species can appear. - What is the difference between homologous, analogous, paralogous and orthologous proteins? code

code 8may code

code Script to calculate RMSD code

code code
 * set outfile [open rmsd.dat w]**
 * set nf [molinfo top get numframes]**
 * set frame0 [atomselect top "protein and backbone and noh" frame 0]**
 * set sel [atomselect top "protein and backbone and noh"]**

code code
 * for { set i 1 } { $i $\le$ $nf } { incr i } {**
 * $sel frame $i**
 * $sel move [measure fit $sel $frame0]**
 * puts $outfile "[measure rmsd $sel $frame0]"**
 * }**

code code
 * close $outfile**

code http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/namd/namd-tutorial-unix-html/node12.html code

code Script to calculate Rg code

code code
 * set sel [atomselect top protein] **
 * set n [molinfo top get numframes] **
 * for { set i 0 } { $i < $n } { incr i } { **
 * $sel frame $i **
 * $sel update **
 * puts [measure rgyr $sel] **
 * } **

code http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/vmd-1.9.1/ug/node136.html code

code Bioethics @https://depts.washington.edu/bioethx/tools/princpl.html code

code RMSD, Rg, SASA, RMSF http://en.wikipedia.org/wiki/Root-mean-square_deviation_of_atomic_positions http://en.wikipedia.org/wiki/Radius_of_gyration http://en.wikipedia.org/wiki/Accessible_surface_area http://en.wikipedia.org/wiki/Root_mean_square_fluctuation code

code Conservative Force http://en.wikipedia.org/wiki/Conservative_force code

code Molecular Dynamics http://en.wikipedia.org/wiki/Molecular_dynamics code

code Link to the paper by M. Levitt [] code

code 15mar code

code http://image.slidesharecdn.com/che452-ch1-130404175154-phpapp02/95/che452-chapter-1-35-638.jpg?cb=1365116020 code

code http://www.imgt.org/IMGTeducation/Aide-memoire/_UK/aminoacids/formuleAA/ code

code https://quizlet.com/2567769/flashcards code

code Due date: 14mar code

code Introducción (pp. XVI-XIX) code

code - Name five physiological processes where proteins participate. - What is the most common cause of endogenous diseases? - How do life-saving drugs act? - What is the traditional process of drug discovery? What is the success rate of this process? - How can the knowledge about proteins aid in the process of drug development? - Name two experimental methods for finding the precise arrangement of every atom of a protein. Do they work for every protein? - What is the topic of the book? code

code Due date: 15mar code

code Section 1.3 - What amino acids have a Sulphur atom? Do they behave in the same manner? - What happens to charged residues when they are "buried"? - What residues can interact with metals? - Provide two important features of aromatic residues. code

code 27mar code

code 0 Diabetes 1 Influenza 2 Alzheimer 3 Creutzfeldt-Jakob disease 4 Helicobacter pylori 5 Leptin 6 Epigenetics 7 Cancer 8 Dengue 9 Ecology code

code code

code Software: code

code vmd191win32.msi code

code NAMD_2.9_Win32-multicore code

code pymol 0.99rc6 code

code Python(x,y)-2.7.6.1.exe biopython-1.64.win32-py2.7.exe code

code 25mar code

code Syllabus code

code code

code code

code code

code Due date: 31mar code

code Preface 1. What is the biggest challenge for the next generation of scientists? 2. What is regarded as the "Holy Grail" of biology? 3. For what purposes has structure prediction been used? 4. What would be an inadequate way to use an approximate model of a protein? code

code Due date: 1apr code

code Sección 1.1 - What is life? - What is special about a peptidic bond? - What kind of protein is pepsin? - How many residues are there between both D's of the active site of pepsin? - What do antibodys and proteases have in common? Bioinformatics Aug-Dec 2014

26feb

http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/minitutorials/colorbypot/ http://www.poissonboltzmann.org/

Docking servers

0 http://hexserver.loria.fr/help.php 1 http://cluspro.bu.edu/tut_dock.php 2 http://zdock.umassmed.edu/tutorial/ 3 https://www.wenmr.eu/wenmr/haddock-web-server-tutorial 4 http://www.swissdock.ch/docking 5 http://rosettadock.graylab.jhu.edu/ 6 http://frodock.chaconlab.org/ 7 http://bioinfo3d.cs.tau.ac.il/PatchDock/ 8 http://vakser.compbio.ku.edu/resources/gramm/grammx/ 9 http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~3dgarden/ http://clsb.ices.utexas.edu/web/dock.html

Due date 26jan Section 4.5 - What do values in a PAM matrix represent? - In a PAM matrix, suppose f_ALA=0.3, f_SER=0.2, f_ALA-SER=0.3. Calculate the entry ALA-SER of the PAM matrix. - How are BLOSUM matrices derived? - Consider the matrices PAM100, PAM250, BLOSUM62, BLOSUM90. Which matrices would be best for comparing closely related sequences? - What is the purpose of programs such as BLAST? Section 4.6 - Given a protein of unknown structure, what is the first step to identify a template for modeling? - What sequences are usually discarded in a BLAST query? - In what cases is the distinction of orthologous and paralogous sequences important? - What is the masking option of BLAST?

Due date 20jan Section 1.8 - What is a "zinc finger"? - Why is it important to locate the largest cleft in a protein? - What is a "moonlight protein"? - What is a "natively unfolded protein"? Section 1.9 - What is the "genetic code"? - What is a "Reading Frame"? - What is a potential effect of high radiation energy on DNA? - What kind of errors can arise during DNA replication? - What can happen if there is a mutation in a stop codon? - Describe a way in which a new species can appear. - What is the difference between homologous, analogous, paralogous and orthologous proteins?

Script to calculate Rg

set sel [atomselect top protein] set n [molinfo top get numframes] for { set i 0 } { $i < $n } { incr i } { $sel frame $i $sel update puts [measure rgyr $sel] }

Section 1.4 Optional. If there are any questions we can discuss them in class.

Due date: 4sep Section 1.5 - What resolution is expected for a good model in the PDB? - Why is the residue number in the PDB file format not necessarily consecutive? - What value is usually written in the B field in NMR models?

Due date: 8sep Section 1.6 - How can we use a distance map to identify regions in a protein that are close to each other? - Describe the classification method in CATH. - What are the main Class types in SCOP? Section 1.7 - What leads to an increase in entropy during protein folding? - How did Anfinsen achieve the denaturation of a protein in his experiment? - Why is Levinthal's paradox important?

Link to the paper by M. Levitt http://csb.stanford.edu/levitt/Levitt_NSB01_History_0501_392.pdf

Due date: 28aug

Section 1.2 - What is a dihedral angle? - What is the usual size of a dihedral angle in a peptidic bond? - How many residues per turn has an alpha-helix? - Why is a 3(10) helix less stable than an alpha-helix? - What kind of secondary structure would have several dihedral angles in "forbidden" regions of the Ramachandran plot? - Define the following: Supersecondary structure, Motif, Fold, Domain. - What is the difference between architecture and topology of a protein?

Due date: 1st september

Section 1.3 - What amino acids have a Sulphur atom? Do they behave in the same manner? - What happens to charged residues when they are "buried"? - What residues can interact with metals? - Provide two important features of aromatic residues.

Due date: 21aug

Introducción (pp. XVI-XIX)

- Name five physiological processes where proteins participate. - What is the most common cause of endogenous diseases? - How do life-saving drugs act? - What is the traditional process of drug discovery? What is the success rate of this process? - How can the knowledge about proteins aid in the process of drug development? - Name two experimental methods for finding the precise arrangement of every atom of a protein. Do they work for every protein? - What is the topic of the book?

Due date: 25aug

Sección 1.1

- What is life? - What is special about a peptidic bond? - What kind of protein is pepsin? - How many residues are there between both D's of the active site of pepsin? - What do antibodys and proteases have in common?

18aug

http://www.biotopics.co.uk/jsmol/aa_categories.html

Due date: 18aug Preface 1. What is the biggest challenge for the next generation of scientists? 2. What is regarded as the "Holy Grail" of biology? 3. For what purposes has structure prediction been used? 4. What would be an inadequate way to use an approximate model of a protein?

14aug

0 Diabetes 1 Influenza 2 Alzheimer 3 Creutzfeldt-Jakob disease 4 Helicobacter pylori 5 Leptin 6 Epigenetics 7 Cancer 8 Dengue 9 Ecology



12aug

Python(x,y)-2.7.6.1.exe

biopython-1.64.win32-py2.7.exe

vmd191win32.msi

NAMD_2.9_Win32-multicore

pymol 0.99rc6

11aug

Syllabus





............................................................. 18oct13

[] carma -verb -fit my.dcd my.psf carma -v -rg -atmid ALLID -segid A my.dcd my.psf carma -v -cov -dot my.dcd my.psf

@http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/mailing_list/vmd-l/att-18670/sasa.tcl

[]

14ago13

[]

[|http://www.ks.uiuc.edu/Training/CaseStudies/index.html#aqpcs]

9ago13

[] [] [] []

31jul13

[]

[]

[]

[]

[]

[]

4jul13

[]

[]

http://pdb2pqr.nbcr.net/

[]

1jul13

[]

http://www.youtube.com/watch?v=3JkL_cIRRnw

[]

[]

[]

[]

Bioinformatics Semestre 2012-2013-1 (ago-dic 2012)

29nov12

2sni, 2ci2 ligand, 2st1 receptor

http://hexserver.loria.fr

I56, Y104

http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/capri/round26/participants.html

15oct12

[] [] [|http://www.nobelprize.org/nobel_prizes/medicine/laureates/2012/#] [] []

import random aa='ACDEFG' cadena=''.join(random.choice(aa) for x in range(70)) print cadena

[]

Lista de -ome's []

Tarea para el 17oct12

http://www.youtube.com/watch?v=GLwCs370IGI

¿Con cuántos caracteres se puede escribir el genoma humano? ¿En qué año inició el Proyecto Genoma? ¿En qué año se concluyó el Proyeto Genoma? ¿Qué es la medicina genómica? ¿Qué porcentaje del genoma humano se ha encontrado conservado en todos los mamíferos? ¿Qué funciones tienen las secuencias no codificantes? ¿Qué es el Genome 10K, HAPMAP, 1000 Genomes? ¿Cuántos genes se tenían identificados en el 2010? ¿Qué tipo de enfermedades suelen estar asociadas con mutaciones en regiones codificantes y no-codificantes? ¿Cuál fue el costo del Proyecto Genoma? ¿Cuál es el costo actual de secuenciar un exoma humano? ¿Cuánto cobra la compañía Knome por secuenciar un genoma completo? ¿Cuáles son las cinco áreas de investigación en genómica? ¿En cuáles puede tener impacto la bioinformática?

[]

¿Qué es la epigenética y cómo podemos aprovecharla en la vida diaria?

Tarea para el 10oct12



-¿Qué premio ganó el proyecto que se describe? -¿En qué consiste el proyecto? -¿Qué paradigma de inteligencia artifical se usó en este proyecto? -¿Qué trabajo a futuro para este proyecto se menciona?

[]

-¿Qué es la genética? ¿Qué es la genómica? ¿Cuál es la diferencia? -Definir brevemente los siguientes conceptos: gen, genotipo, fenotipo, heterosis, epistasis, pleiotropy, genetic locus, allele.

Tarea para el 3oct12

Sección **4.7** -¿Por qué el problema de los dominios no tiene una solución clara? -¿Cuál suele ser el tamaño de un dominio? -¿Cómo se puede identificar un dominio en una secuencia recién obtenida? -¿Qué significa "invertir la búsqueda"?¿Por qué es importante?

24sep12

[]

Tarea para el 26sep12 Sección 1.9 -¿Qué es el código genético? -¿Qué es un "Reading Frame"? -¿Qué puede causar la radiación de alta energía en el ADN? -¿Qué tipos de errores pueden surgir en la replicación del ADN? -¿Qué puede suceder si hay una mutación en un codón de paro? -Describir una manera en que puede surgir una nueva especie. -¿Cuál es la diferencia entre proteínas homólogas, análogas y ortólogas, parálogas?

20sep12

[]







Tarea para el 3sep12 Sección 1.3 -¿Qué aminoácidos tienen un átomo de azufre? ¿Se comportan igual? -¿Qué sucede con los aminoácidos cargados cuando están “enterrados”? -¿Qué aminoácidos pueden asociarse con metales? -Mencione dos características importantes de los aminoácidos aromáticos. Sección 1.4 Traten de leerla, si tienen dudas las comentamos. Sección 1.5 -¿Qué margen de error puede tener un buen modelo en el PDB? -¿Por qué el número de residuo en el formato PDB no es necesariamente consecutivo? -¿Qué valor suele ponerse en el campo B de los átomos en un modelo de RMN?

Tarea para el 29ago12 Sección 1.2 -¿Qué es un ángulo dihedro? -¿Cuánto suele medir el ángulo dihedro de un enlace peptídico? -¿Cuántos aminoácidos por vuelta tiene una hélice alfa? -¿Por qué la hélice 3(10) es menos estable que la hélice alfa? -¿Qué estructura secundaria tendría muchos de sus ángulos dihedros en regiones "prohibidas" del diagrama de Ramachandran? -¿A qué se le llama estructura supersecundaria, motif, pliegue o dominio? -¿Cuál es la diferencia entre arquitectura y topología de una proteína?



[|http://en.wikipedia.org/wiki/Wikipedia:WikiProject_Molecular_and_Cellular_Biology/PyMol_tutorial#Basic_usage]

Tarea para el 27ago12

Introducción (pp. XVI-XIX)

-Mencione cinco procesos fisiológicos donde participen las proteínas. -¿Cuál es la causa más común de las enfermedades endógenas? -Mencionar una manera en que funcionan los fármacos. -¿Cuál es el algoritmo tradicional para descubrir un fármaco? ¿Cuál es su tasa de éxito? -¿De qué manera puede ayudar el conocimiento sobre las proteínas al proceso de desarrollo de fármacos? -Mencionar dos métodos experimentales para determinar la estructura de una proteína. ¿Por qué no se estudia la estructura de todas las proteínas con estos métodos? -¿Cuál es el tema del libro?

Sección 1.1

-¿Qué es la vida? -¿Qué características especiales tiene un enlace peptídico? -¿Qué tipo de proteína es la pepsina? -¿Cuántos aminoácidos hay entre las 2 D del sitio activo de la pepsina? -¿Qué tienen en común los anticuerpos y las proteasas?

20ago12 [|alternativa TA-PrStPr]

1. ¿Cuál es el mayor reto de la siguiente generación de científicos? 2. ¿A que se le conoce como el “Santo Grial” de la biología? 3. ¿Para qué fines se ha usado la predicción de estructura? 4. ¿Cuál sería una manera inadecuada de usar un modelo aproximado de una proteína?

Aportaciones que puede realizar un Ingeniero en Sistemas Computacionales a la Bioinformática:


 * Generación de visualizaciones gráficas atractivas a la vista e interactivas que ayuden a comprender de mejor manera el funcionamiento de procesos físicos y químicos de relevancia biológica.
 * Realización de modelos y simulaciones computacionales que ayuden a estudiar y/o a predecir el comportamiento de sistemas moleculares. Implementación de los mismos en ambientes masivamente paralelos.
 * Aplicar la estadística, la teoría de lenguajes, la teoría de la información y la inteligencia artificial al estudio de las secuencias biológicas.
 * Implantación y manejo de bases de datos eficientes para organizar información biológica.
 * Manejo de redes de colaboración via internet, así como servicios web.
 * Desarrollo y mejora de hardware de cómputo e instrumentación.
 * ACELERAR el avance de la investigación en Ciencias de la Vida.

Aportaciones que puede realizar la Bioinformática a un Ingeniero en Sistemas Computacionales


 * Propone un campo fértil, apasionante y enormemente relevante para el ingenio y las habilidades desarrolladas en su formación.
 * Sugiere maneras de abordar problemas que pueden solucionar problemas que no encuentran respuesta en la Teoría de la Computación convencional.
 * Ofrece un conjunto de fenómenos que pueden ser traducidos a operaciones de cómputo con ventajas potenciales sobre las computadoras convencionales.
 * Ser pioneros en un área de gran desarrollo y que no requiere de muchos recursos económicos para aprender.

Software para el curso

python-2.6.2.msi numpy-1-3-0-win32-superpack-python2.6.exe scipy-0.7.1-win32-superpack-python2.6.exe biopython-1.51b.win32-py2.6.exe PIL-1.1.7.win32-py2.6.exe vmd187win32 pymol_win32 gnuplot

1- Ejecutar (en este orden)

python-2.6.2.msi blender-2.49b-windows.exe numpy-1-3-0-win32-superpack-python2.6.exe scipy-0.7.1-win32-superpack-python2.6.exe biopython-1.51b.win32-py2.6.exe PIL-1.1.7.win32-py2.6.exe PyOpenGL-3.0.1b2.win32.exe PyOpenGL-accelerate-3.0.1b2.win32-py2.6.exe vmd187win32

2- En el directorio pymol_win32, ejecutar

SETUP.EXE

3- Copiar las siguientes carpetas al Escritorio

gnuplot PyOpenGL-Demo-3.0.1a1

Temario

Instrucciones para elaboración de reportes de prácticas



[|TA-PrStPr] [|alternativa TA-PrStPr]

[|archivoDBCS.zip]

[|archivo00HG.zip] [|alternativa HG]

Bioinformática I Semestre 2011-2012-1 (ago-dic 2011)

14nov11

[] []

http://www.ics.uci.edu/~dock/manuals/cgal_manual/Alpha_shapes_2/Chapter_main.html

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22039431

7nov11

[]

24oct11

[]

17oct11 2sni 2ci2 2st1 []

10oct11

[] [] http://www.uniprot.org/ [|http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#htoc6]

3oct11

[] http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/index.html [|http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#htoc6]

26sep11

http://www.ebi.ac.uk/help/matrix.html http://www.uniprot.org/ http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/index.html http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

22ago11



[]

Software para el curso

python-2.6.2.msi numpy-1-3-0-win32-superpack-python2.6.exe scipy-0.7.1-win32-superpack-python2.6.exe biopython-1.51b.win32-py2.6.exe PIL-1.1.7.win32-py2.6.exe vmd187win32 pymol_win32 gnuplot

1- Ejecutar (en este orden)

python-2.6.2.msi blender-2.49b-windows.exe numpy-1-3-0-win32-superpack-python2.6.exe scipy-0.7.1-win32-superpack-python2.6.exe biopython-1.51b.win32-py2.6.exe PIL-1.1.7.win32-py2.6.exe PyOpenGL-3.0.1b2.win32.exe PyOpenGL-accelerate-3.0.1b2.win32-py2.6.exe vmd187win32

2- En el directorio pymol_win32, ejecutar

SETUP.EXE

3- Copiar las siguientes carpetas al Escritorio

gnuplot PyOpenGL-Demo-3.0.1a1

Temario

Instrucciones para elaboración de reportes de prácticas



[|TA-PrStPr] [|alternativa TA-PrStPr]

[|archivoDBCS.zip]

[|archivo00HG.zip] [|alternativa HG]

Aportaciones que puede realizar un Ingeniero en Sistemas Computacionales a la Bioinformática:


 * Generación de visualizaciones gráficas atractivas a la vista e interactivas que ayuden a comprender de mejor manera el funcionamiento de procesos físicos y químicos de relevancia biológica.
 * Realización de modelos y simulaciones computacionales que ayuden a estudiar y/o a predecir el comportamiento de sistemas moleculares. Implementación de los mismos en ambientes masivamente paralelos.
 * Aplicar la estadística, la teoría de lenguajes, la teoría de la información y la inteligencia artificial al estudio de las secuencias biológicas.
 * Implantación y manejo de bases de datos eficientes para organizar información biológica.
 * Manejo de redes de colaboración via internet, así como servicios web.
 * Desarrollo y mejora de hardware de cómputo e instrumentación.
 * ACELERAR el avance de la investigación en Ciencias de la Vida.

Aportaciones que puede realizar la Bioinformática a un Ingeniero en Sistemas Computacionales


 * Propone un campo fértil, apasionante y enormemente relevante para el ingenio y las habilidades desarrolladas en su formación.
 * Sugiere maneras de abordar problemas que pueden solucionar problemas que no encuentran respuesta en la Teoría de la Computación convencional.
 * Ofrece un conjunto de fenómenos que pueden ser traducidos a operaciones de cómputo con ventajas potenciales sobre las computadoras convencionales.
 * Ser pioneros en un área de gran desarrollo y que no requiere de muchos recursos económicos para aprender.

[|ref_p]

Bioinformática II

Semestre 2010-2011-2 (ene-jun 2010)

Temario

30may11

http://sgowtham.net/blog/2010/12/02/mpi-c-monte-carlo-method-of-finding-pi/

23may11

http://es.wikipedia.org/wiki/Interfaz_de_Paso_de_Mensajes

/usr/lib64/openmpi/1.2.7-gcc/bin/mpicc fuente.c -o ejecutable.exe

/usr/lib64/openmpi/1.2.7-gcc/bin/mpirun -np 5 ejecutable.exe

2mayo11

[]

4abr11





28mar11

http://cs.nyu.edu/~roweis/data/usps_0.jpg

http://cs.nyu.edu/~roweis/data/usps_2.jpg

Script para pasar las imágenes a una lista



14mar11



28feb11



[|Applet de PSO]

21feb11



8feb11

Tarea para el viernes 11 de febrero 2011 (enviar respuestas por e-mail).

Leer http://es.wikipedia.org/wiki/Evoluci%C3%B3n_biol%C3%B3gica

y contestar lo siguiente:

1- Explicar con sus propias palabras la diferencia entre las ideas de Lamarck y las de Darwin.

2- ¿Qué es un cuello de botella génico?

3- ¿Qué dice el principio de Hardy-Weinberg?

Software a utilizar en el curso

Software para Bioinformática II Semestre 2010-2011/2

13/08/2009 07:54 p.m. 1,227,060 biopython-1.51b.win32-py2.6.exe

30/07/2010 07:19 p.m.  gnuplot

13/08/2009 07:56 p.m. 5,025,303 numpy-1.3.0-win32-superpack-python2.6.exe

02/02/2010 10:21 a.m. 838,324 PIL-1.1.7.win32-py2.6.exe

02/02/2010 10:18 a.m. 1,092,956 PyOpenGL-3.0.1b2.win32.exe

02/02/2010 10:19 a.m. 333,818 PyOpenGL-accelerate-3.0.1b2.win32-py2.6.exe

30/07/2010 07:33 p.m.  PyOpenGL-Demo-3.0.1a1

13/08/2009 07:51 p.m. 14,536,192 python-2.6.2.msi

02/02/2010 10:22 a.m. 42,621,854 scipy-0.7.1-win32-superpack-python2.6.exe

1- Ejecutar (en este orden)

python-2.6.2.msi

numpy-1-3-0-win32-superpack-python2.6.exe

scipy-0.7.1-win32-superpack-python2.6.exe

biopython-1.51b.win32-py2.6.exe

PIL-1.1.7.win32-py2.6.exe

PyOpenGL-3.0.1b2.win32.exe

PyOpenGL-accelerate-3.0.1b2.win32-py2.6.exe

2- Copiar las siguientes carpetas al Escritorio

gnuplot

PyOpenGL-Demo-3.0.1a1

Bioinformática I

Semestre 2010-2011-1 (ago-dic 2010)

Práctica 7

<span style="background-attachment: initial; background-clip: initial; background-color: initial; background-origin: initial; background-position: 100% 50%; background-repeat: no-repeat no-repeat; cursor: pointer; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; padding-right: 10px; padding-top: 0px;">[]

<span style="margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; padding-right: 0px; padding-top: 0px;">Seguir el siguiente tutorial, pero usando la ubiquitina (1UBQ.pdb) <span style="cursor: pointer; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; padding-right: 0px; padding-top: 0px;">http://bqmc.wikispaces.com/EjemploGromacs4

<span style="margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; padding-right: 0px; padding-top: 0px;">Martes 19oct10 Clase <span style="margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; padding-right: 0px; padding-top: 0px;">Jueves 21oct10 Examen de prueba en el salón de clases <span style="margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; padding-right: 0px; padding-top: 0px;">Viernes 22oct10 Fecha límite de entrega del reporte de la práctica 6 y tarea de predicción de estructuras <span style="margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; padding-right: 0px; padding-top: 0px;">Lunes 25oct10 2o Examen parcial

<span style="margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; padding-right: 0px; padding-top: 0px;">Práctica 6

<span style="background-attachment: initial; background-clip: initial; background-color: initial; background-origin: initial; background-position: 100% 50%; background-repeat: no-repeat no-repeat; cursor: pointer; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; padding-right: 10px; padding-top: 0px;">[]

<span style="background-attachment: initial; background-clip: initial; background-color: initial; background-origin: initial; background-position: 100% 50%; background-repeat: no-repeat no-repeat; cursor: pointer; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; padding-right: 10px; padding-top: 0px;">[]

<span style="background-attachment: initial; background-clip: initial; background-color: initial; background-origin: initial; background-position: 100% 50%; background-repeat: no-repeat no-repeat; cursor: pointer; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; padding-right: 10px; padding-top: 0px;">[]

<span style="background-attachment: initial; background-clip: initial; background-color: initial; background-origin: initial; background-position: 100% 50%; background-repeat: no-repeat no-repeat; cursor: pointer; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; padding-right: 10px; padding-top: 0px;">[]

<span style="margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; padding-right: 0px; padding-top: 0px;">Tarea <span style="margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; padding-right: 0px; padding-top: 0px;">Introducción al análisis de secuencias

<span style="margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; padding-right: 0px; padding-top: 0px;">-Escribir un programa en Python que encuentre el mejor alineamiento entre la secuencia ATGGTCGAG y estas secuencias:

<span style="margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; padding-right: 0px; padding-top: 0px;">AAATTCTCG <span style="margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; padding-right: 0px; padding-top: 0px;">TTGCCGAGT

<span style="cursor: pointer; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; padding-right: 0px; padding-top: 0px;">

<span style="margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; padding-right: 0px; padding-top: 0px;">Práctica 5

<span style="margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; padding-right: 0px; padding-top: 0px;">-Escribir un programa en Python que lea un archivo PDB e imprima la estructura primaria de la proteína en código de 1 letra usando un diccionario.

<span style="margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; padding-right: 0px; padding-top: 0px;">-Seguir el siguiente tutorial de introducción a Pymol. <span style="margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; padding-right: 0px; padding-top: 0px;">http://www.pymolwiki.org/index.php/Practical_Pymol_for_Beginners

<span style="margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; padding-right: 0px; padding-top: 0px;">Práctica 1

<span style="margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; padding-right: 0px; padding-top: 0px;">Descargar 1UBQ.pdb y 2ZIJ.pdb del PDB

<span style="margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; padding-right: 0px; padding-top: 0px;">Abrir 1UBQ.pdb en VMD, visualizar aminoácidos individuales

<span style="margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; padding-right: 0px; padding-top: 0px;">Buscar "aminoácido" en wikipedia, identificar aminoácidos no representados en la secuencia de 1UBQ. Buscarlos en 2ZIJ.

<span style="margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; padding-right: 0px; padding-top: 0px;">Visualizar los aminoácidos por categorías (Figura "Otra forma de clasificar los aminoácidos de acuerdo a su cadena lateral." del artículo en wikipedia).

<span style="margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; padding-right: 0px; padding-top: 0px;">Escribir un script en python que lea un archivo pdb e imprima las coordenadas de los átomos que contiene.

<span style="cursor: pointer; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; padding-right: 0px; padding-top: 0px;">Temario <span style="margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; padding-right: 0px; padding-top: 0px;">Instrucciones para elaboración de reportes de prácticas <span style="cursor: pointer; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; padding-right: 0px; padding-top: 0px;">

<span style="background-attachment: initial; background-clip: initial; background-color: initial; background-origin: initial; background-position: 100% 50%; background-repeat: no-repeat no-repeat; cursor: pointer; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; padding-right: 10px; padding-top: 0px;">[|TA-PrStPr] <span style="cursor: pointer; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; padding-right: 0px; padding-top: 0px;">[|archivoDBCS.zip] <span style="background-attachment: initial; background-clip: initial; background-color: initial; background-origin: initial; background-position: 100% 50%; background-repeat: no-repeat no-repeat; cursor: pointer; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; padding-right: 10px; padding-top: 0px;">[|archivo00HG.zip] <span style="background-attachment: initial; background-clip: initial; background-color: initial; background-origin: initial; background-position: 100% 50%; background-repeat: no-repeat no-repeat; cursor: pointer; margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; padding-right: 10px; padding-top: 0px;">[|ref_p]

<span style="margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; padding-right: 0px; padding-top: 0px;">Aportaciones que puede realizar un Ingeniero en Sistemas Computacionales a la Bioinformática:
 * <span style="margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0.5em; padding-bottom: 0px; padding-left: 3em; padding-right: 0px; padding-top: 0px;">Generación de visualizaciones gráficas atractivas a la vista e interactivas que ayuden a comprender de mejor manera el funcionamiento de procesos físicos y químicos de relevancia biológica.
 * <span style="margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0.5em; padding-bottom: 0px; padding-left: 3em; padding-right: 0px; padding-top: 0px;">Realización de modelos y simulaciones computacionales que ayuden a estudiar y/o a predecir el comportamiento de sistemas moleculares. Implementación de los mismos en ambientes masivamente paralelos.
 * <span style="margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0.5em; padding-bottom: 0px; padding-left: 3em; padding-right: 0px; padding-top: 0px;">Aplicar la estadística, la teoría de lenguajes, la teoría de la información y la inteligencia artificial al estudio de las secuencias biológicas.
 * <span style="margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0.5em; padding-bottom: 0px; padding-left: 3em; padding-right: 0px; padding-top: 0px;">Implantación y manejo de bases de datos eficientes para organizar información biológica.
 * <span style="margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0.5em; padding-bottom: 0px; padding-left: 3em; padding-right: 0px; padding-top: 0px;">Manejo de redes de colaboración via internet, así como servicios web.
 * <span style="margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0.5em; padding-bottom: 0px; padding-left: 3em; padding-right: 0px; padding-top: 0px;">Desarrollo y mejora de hardware de cómputo e instrumentación.
 * <span style="margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0.5em; padding-bottom: 0px; padding-left: 3em; padding-right: 0px; padding-top: 0px;">ACELERAR el avance de la investigación en Ciencias de la Vida.

<span style="margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0px; padding-bottom: 0px; padding-left: 0px; padding-right: 0px; padding-top: 0px;">Aportaciones que puede realizar la Bioinformática a un Ingeniero en Sistemas Computacionales
 * <span style="margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0.5em; padding-bottom: 0px; padding-left: 3em; padding-right: 0px; padding-top: 0px;">Propone un campo fértil, apasionante y enormemente relevante para el ingenio y las habilidades desarrolladas en su formación.
 * <span style="margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0.5em; padding-bottom: 0px; padding-left: 3em; padding-right: 0px; padding-top: 0px;">Sugiere maneras de abordar problemas que pueden solucionar problemas que no encuentran respuesta en la Teoría de la Computación convencional.
 * <span style="margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0.5em; padding-bottom: 0px; padding-left: 3em; padding-right: 0px; padding-top: 0px;">Ofrece un conjunto de fenómenos que pueden ser traducidos a operaciones de cómputo con ventajas potenciales sobre las computadoras convencionales.
 * <span style="margin-bottom: 0px; margin-left: 0px; margin-right: 0px; margin-top: 0.5em; padding-bottom: 0px; padding-left: 3em; padding-right: 0px; padding-top: 0px;">Ser pioneros en un área de gran desarrollo y que no requiere de muchos recursos económicos para aprender.

Bioinformática I

Semestre 2008-2009-1 (ago-dic 08)

Temario

[|archivo00HG.zip] [|archivoDBCS.zip]

Aportaciones que puede realizar un Ingeniero en Sistemas Computacionales a la Bioinformática:
 * Generación de visualizaciones gráficas atractivas a la vista e interactivas que ayuden a comprender de mejor manera el funcionamiento de procesos físicos y químicos de relevancia biológica.
 * Realización de modelos y simulaciones computacionales que ayuden a estudiar y/o a predecir el comportamiento de sistemas moleculares. Implementación de los mismos en ambientes masivamente paralelos.
 * Aplicar la estadística, la teoría de lenguajes, la teoría de la información y la inteligencia artificial al estudio de las secuencias biológicas.
 * Implantación y manejo de bases de datos eficientes para organizar información biológica.
 * Manejo de redes de colaboración via internet, así como servicios web.
 * Desarrollo y mejora de hardware de cómputo e instrumentación.
 * ACELERAR el avance de la investigación en Ciencias de la Vida.

Aportaciones que puede realizar la Bioinformática a un Ingeniero en Sistemas Computacionales
 * Propone un campo fértil, apasionante y enormemente relevante para el ingenio y las habilidades desarrolladas en su formación.
 * Sugiere maneras de abordar problemas que pueden solucionar problemas que no encuentran respuesta en la Teoría de la Computación convencional.
 * Ofrece un conjunto de fenómenos que pueden ser traducidos a operaciones de cómputo con ventajas potenciales sobre las computadoras convencionales.
 * Ser pioneros en un área de gran desarrollo y que no requiere de muchos recursos económicos para aprender.

=Tema 1.2= [|archivo1.2TS.zip] [|TGS.pdf]

=Tema 1.3=

Prólogo e Introducción de este documento http://www.tdx.cesca.es/TDX-0623105-122829/index_cs.html#documents

Ilustración en esta página: http://www.mpi-inf.mpg.de/departments/d3/projects.html

Wikipedia dixit http://es.wikipedia.org/wiki/Bioinform%C3%A1tica

Tema 1.4

[|tema 1.4 secuencias biológicas.zip] [|bioética.zip]

Unidad 2

[|Examen de Diagnóstico Bioinf I.zip]

http://planetmath.org/

[|picocursosl.zip]

[|grafos.zip]

Jmol [|binario] Tutorial http://www.chem.uwec.edu/JmolTut/

JMol + Eclipse http://wiki.jmol.org:81/index.php/Eclipse







Bioinformática II Semestre 2008-2009/2

Temario [|archivoDBCS.zip] [|archivo00HG.zip]

Curso sobre optimización aplicada a la bioinformática http://bioopt.liacs.nl/



Bioinformática I

Semestre 2009-2010-1 (ago-dic 09)





http://www.youtube.com/watch?v=RLpalVirlTk

http://www.youtube.com/watch?v=BVvvx5HGpLg


 * Práctica de VMD**



Simulación MC

http://en.wikipedia.org/wiki/Monte_Carlo_method

http://cmm.info.nih.gov/intro_simulation/node25.html


 * Archivo de secuencias**



Bioinformática II Semestre 2009-2010/2 (ene-jun 2010)
Temario

[|Introducción a tkInter]







PSO



[|Applet de PSO]

Ejemplos de ANN



La tarea de ANN es entrenar una red para que reconozca entre dos patrones, el dígito 0 y el dígito 2, a partir de las imágenes del usps.

Imágenes para la tarea Fuente: http://cs.nyu.edu/~roweis/data.html

http://cs.nyu.edu/~roweis/data/usps_0.jpg http://cs.nyu.edu/~roweis/data/usps_2.jpg

Script para pasar las imágenes a una lista



La tarea de SOMs es modificar el ejemplo visto en el laboratorio para que además de distinguir entre los dígitos 0, 2 y 5 de las imágenes del usps, sea capaz de distinguir otros dos dígitos, al final distinguiría entre cinco dígitos en total.



from scipy.optimize import brute

import math

def f(x):

return 0.05*x*x-4*math.cos(x)

xopt=brute(f,[(-100,100)],Ns=10000)

[]